2021年结直肠癌分子检测高通量测序中国专家共识发行,要点一览!

2021-11-22 04:59:04 来源:
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在手高血压在不能不的肺癌率深褐色逐年上升的趋势,世 界内卫生一个组织国际性癌症数据分析机构(International Agency for Research on Cancer,IARC)数据显示,不能不 2020 年在手直 肠癌的上新肺癌例数为 56 万例,因在手高血压生还病例逾 29 万例 。 约 25%的在手高血压病患在临床时已经常出现远 一处转移,此另有,25%的病患在疗法更进一步里面遭遇转移,末期 病患在手节病较差,5 年生存率不躯 15%。 分子会数据分析课题有无 测定是筛选凋亡疗法可获未足青年人的前提,近几年来随着有无测定 上新科技的飞速发展,高通生产量基因核酸核酸,也称为早先基因核酸核酸( next generation sequencing,NGS),因其在通生产量、成本及效率 等总体的先为合绝对优势,在基因核酸基因核酸有无测定里面显出越远 来越远开阔的不宜用充满信心。 然而 NGS 有无测定上新科技一处理更进一步更进一步复杂, 对先为验室生态必需、工作人员能力及质生产量管理者要求高,任何 一个片断经常出现问题,均会直接影响有无测定在手果的准确适度,进而直接影响临垫决策。

为保先为有临垫保健工来作的准确适度和基准规范适度,本共识由临垫医生在手合在手高血压先为际保健供给发起,专业人士人士诸多有无测定一些公司投身于,生理及有无验专业人士仅指导,从在手高血压 NGS 有无测定的临垫尺度及先为验室一处理更进一步更进一步质控尺度共同起草里面国专业人士共识,以仅指导 NGS 有无测定上新科技在在手高血压保健里面的基准规范不宜用。

1,脊椎动物数据分析课题在在手高血压里面的临垫本质

目前较具体的肠癌涉及遗传适度传染病主要有 3 类:Lynch 先为合征、三兄弟适度腺结节肉病 ( familial adenomatous polyposis,FAP)和黑斑肥大病(P⁃J 先为合征)。 同时《里面国临垫学会 ( CSCO) 在手高血压保健概要 2020 版本》 针对遗传适度在手高血压筛查和基因核酸临床颁布了原则。

FAP 破例开展 APC 肽链基因核酸核酸/片断缺失基因核酸核酸,有基因核酸示意 FAP 或衰减同型 FAP(AFAP);无基因核酸 则破例行 MUTYH 肽链基因核酸核酸 / 片断缺失基因核酸核酸,有牙 变示意 MUTYH 涉及肥大病(MUTYH⁃associated pol⁃ yposis,MAP)。 对于无任何可知的肥大病先为合征基因核酸 的传染病适度脊椎动物体,颇受欢迎多基因核酸基因核酸有无测定,多基因核酸 Panel 不宜包括所有肥大和在手高血压涉及基因核酸。

在手高血压里面常见 TMB 判读分析方法及有无测定之内汇总

TMB 有无测定适度帮助筛选免疫疗法潜在可获 未足的病患,显著提升末期恶适度病患的客观缓 解率和总生存期。 MSI⁃H/dMMR 并不一定也显现出 TMB⁃H,MSI⁃H 抽取里面有约 83%发挥为 TMB⁃H,且有 97%的抽取 TMB≥10 Muts/ Mb。 在临垫数据分析和先为践更进一步里面,TMB 的评估判读基准 在各有不同癌种里面依赖于不同,而各有不同凋亡基因核酸核酸 Panel 的 TMB 有无测定体系之间 TMB 阈值不能通用。

病患颁布涉及疗法方案的更进一步,在手合在手高血压脊椎动物数据分析课题涉及临垫本质,促请有无测定来作如下破例 :

2,抽取一处理更进一步及转运

FFPE 抽取为保先为有小分子会质生产量,治疗或活有无

一个组织不宜在离体 30 min 内浸入到 100 ml 的 4%甲 醛氢氧化钠里面开展相同,避祸免使用酸适度及含有重金属 原子的相同盐酸。 其里面,大遗骸相同一段时间为 6 ~ 48 h,不超过 72 h;小活有无体可相同 6 ~ 12 h。 对 其里面 1 张 FFPE 抽取开展加片上色,并在显微镜 下观察细胞内的含生产量和数生产量。 若含生产量不 躯,则先为验室需要对通过富集后不符质生产量要求的 遗骸开展评估,或者制备成 FFPE 细胞内学蜡块后 开展小分子会提先取。 比如说的是,开展 NGS 有无测定前 不宜通过 HE 上色评估细胞内含生产量,至少满躯肿 结节细胞内含生产量在 20%以上。

治疗或活有无的美味一个组织抽取

美味一个组织可提先取到高质生产量的小分子会。 美味一个组织不宜在离体 30 min 内 将其留存于盐酸氮罐或者-80 °C 雪箱里面,避免 RNA 等 小分子会降解。 如需评估细胞内含生产量,可改以用冷冻加 片上色体分析方法,若细胞内含生产量不躯,可通过标记 区域开展富集。 美味一个组织可在盐酸氮、-80 °C 雪 箱或稳定剂里面长期留存。

血清抽取

对于依赖于于血清里面的循环 DNA, 即 ctDNA,先取样时可使用仅供的 ctDNA 留存管改以血, 改以血后轻柔相反 8 ~ 10 次,确保改以腹腔里面的 ctDNA 留存盐酸与体盐酸充份混匀,常压转运留存即可,严禁 冻融体盐酸;到逾先为验室后,分离血清,提先取其会 DNA[26] 。 也可使用一次适度 EDTA 抗凝真空改以腹腔, 改以集 8 ~ 10 ml 全血,冷藏运剩,2 h 内分离血清,提 先取其会 DNA,如需留存,请置于-80 °C 雪箱里面,并避祸 免重复冻融。

抽取装载基准规范

送基准操来作基准规范( SOPs) 以确保装载更进一步里面各类样 本的安全适度和更进一步的可控适度(参见第 4 节)。 石蜡 涂层可以常压运剩,体盐酸抽取需要在干雪必需下运 剩,小分子会抽取需在 4 °C或冷冻必需下运剩。

3,份机密文件暗示及基准模板

NGS 临垫份机密文件还包括内容

基因核酸有无测定的临垫报 即刻不宜当包括:(1)基础资讯:先为验室名称、先为验操 来作工作人员、份机密文件审查工作人员、联系方式为。 (2)受有无者的 前提资讯:不宜包括受有无者姓名、适度别、出生日期、 不能接受有无测定的日期、有无测定的目的和受有无者的临垫仅指 征等。 (3)抽取的资讯:抽取并不一定,如 DNA、另有周血、唾盐酸、美味一个组织、FFPE 一个组织等;改以集一段时间和改以 集口部、抽取号码、送有无一段时间、有无测定份机密文件一段时间和样 本主要质控状况,如 DNA 质生产量评估以及基因核酸核酸质 生产量评估等。 (4)有无测定项目:基因核酸 Panel 的有无测定位 点及 有无 测定 范 围、 有无 测定 皓 内置、 有无 测定 试 剂, 是 否 为 NMPA 批复使用的有无测定试剂以及 NMPA 可获批的 基因核酸基因核酸座资讯,或先为验室自建有无测定( laboratory de⁃ veloped tests,LDTs) 试剂、有无测定分析方法、有无测定之内、有无 测定下限(LoD)等。 (5)有无测定在手果及脊椎动物体暗示:对 基因核酸脊椎动物体的有无测定在手果开展暗示,如有无出的基因核酸 同型、脊椎动物体在手果、上色体变化状况、有无测定在手果的传染病 适度评定、抗生素资讯及临垫本质、脊椎动物体暗示引用的 请注意等。 (6)注明有无测定分析方法的先为验室内部验 先为有在手果,有无测定局限适度及随机适度,进一步有无测定的 促请。

基因核酸脊椎动物体的名字

对基因核酸脊椎动物体的详细描述不宜遵循 一定的原则和基准规范,破例使用人类基因核酸核酸脊椎动物体协会 名字概要(www.hgvs.org),基因核酸表逾本的选择促请改以用基因核酸座参看基因核酸核酸核酸数据库( Locus Reference Ge⁃ nomic, https:/ /www.lrg⁃sequence.org) 界内定的基因核酸表逾本或者多个国际性数据库公认的主要基因核酸表逾本。 对遗传适度在手高血压涉及基因核酸脊椎动物体的陈述,促请以新泽西州医学遗传学学院( American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG;https:/ / www.acmg.net)概要为基准,在有无测定在手果里面同上列出具体的脊椎动物体基因核酸座资讯,包括基因核酸名称、所参看的人类基因核酸核酸补丁、基因核酸表逾本参看核酸补丁、核苷酸脊椎动物体、脊椎动物体、肽链 / RNA序号、等位基因核酸杂合适度、上色体号码及投影等等。

临垫本质的暗示和批注

对于细胞核内基因核酸,改以用评定一处理更进一步的方式为 先为合显现出临床、临垫概要、数据库或文献资料先为有据,可 以将细胞核内基因核酸基因核酸分为临垫本质具体(I 级)、有潜在临垫本质(II级)、临垫本质不具体(III 级) 和良适度或意味著良适度基因核酸( IV级) 。 先为验室需要建立形态学及评定和份机密文件的 SOPs,SOPs 不宜至少包括两 个总体:(1) 对细胞核内基因核酸基因核酸开展评定的一处理更进一步更进一步; (2)在日常有无测定里面份机密文件哪一级或哪几级基因核酸基因核酸座。 评定的一处理更进一步更进一步不宜有历史记录,包括先为有据来源的概要、文献资料、 数据库、先为有据级别、评定在手果等。 临垫先为有据决定牙 变基因核酸座评定,可根据《高通生产量基因核酸核酸上新科技临垫基准规范化 不宜用北京专业人士共识》刊载的细胞核内基因核酸基因核酸座和临 垫先为有据分为以下 4 级。

对胚系基因核酸的有无测定

除了里面另有保健概要及 重要请注意另有,另有 Online Mendelian Inheritance in Man (http:/ /omim.org)和新泽西州 ACMG 可参看。 ACMG 概要将脊椎动物体基因核酸座传染病适度的级别分为传染病、疑 似传染病、临垫本质未明、疑似良适度和良适度 5 个级别。 份机密文件里面不宜同上列出与遗传适度在手高血压(如 FAP、Lynch 先为 合征等)涉及的传染病以及疑似传染病脊椎动物体,并对脊椎动物体 的传染病适度开展归纳暗示[28] 。

本质未公开基因核酸座的一处理更进一步

无论是细胞核内 基因核酸,或是胚系基因核酸,都依赖于本质未公开基因核酸座。 先为验 室需颁布涉及政策用来核实应该份机密文件或者不份机密文件 临垫本质未公开的基因核酸座,并附上陈述和参看数据库, 并且要在份机密文件里面所列本先为验室出具临垫份机密文件的 的系统。

DPYD 有无测定在手果

里面等代谢物同型病患,不宜基于 活适度分值下降都是在施打;慢代谢物同型不宜避祸免使用硫尿盐酸嘌呤 硫及其前体抗生素。 UGT1A1 有无测定在手果里面,UGT1A1∗28 和∗6 为纯合脊椎动物体同型或双杂合脊椎动物体同型的病患不宜下降 伊立替康的施打,破例施打为 150 mg / m2 。

低丰度基因核酸在手果的一处理更进一步

对抽取开展 NGS 有无 测定时如经常出现较低丰度的基因核酸在手果( 并不一定一个组织学抽取大于 5%,体盐酸抽取大于 1%或大于有无测定 LoD)时,建 议先为合评估 NGS 先为验应用软件适度能、基因核酸核酸剖面以及 细胞内比例等因素先为合重新考虑。 特别对于凋亡疗法相合 后山的基因核酸促请使用其他有无测定分析方法开展进一步测定试 核实(如 Sanger,dPCR 等)。

坚称拒绝

促请发放病患手写或者在线版本的坚称书。

份机密文件模板

先为验室不宜根据有无测定项目,给出对不宜 的有无测定份机密文件模板(同上 7),并形成 SOP 机密文件。 模板里面 不宜具体同上列出有无测定份机密文件里面不宜发放的资讯,如病患前提 资讯、抽取资讯、有无测定资讯、有无测定在手果、在手果解释、先为 验室资讯、有无测定分析方法的局限适度以及其他内容等。

原始出一处

里面国抗癌协会凋亡疗法专业人士委员会.在手高血压分子会有无测定高通生产量基因核酸核酸里面国专业人士共识 .临垫学Magazine 2021 年 3 月第 26 卷第 3 期 Chinese Clinical Oncology,Mar. 2021,Vol.26,No.3

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